UCSC Genome Browser

UCSC Genome Browser

• Table Browser
• El formato BED
• Coordenadas UCSC
• Operaciones sencillas con tablas
• Uso de filtros

Ejercicios. Mediante Table Browser:

1. Obtener los SNPs del cromosoma 21 humano.
2. Con la ayuda de una hoja de cálculo, determinar la longitud media, mínima y máxima de los transcritos de los genes RefSeq en el cromosoma 21 humano.
3. Uso de filtros: Obtener los retrotransposones de la familia Alu en el cromosoma 19 humano.
4. Obtener elementos repetidos eligiendo las columnas milliDiv, milliDel, milliIns, genoName, genoStart, genoEnd, repName, repFamily (Output format: selected fields from primary and related tables).

Tarea para casa: Repetir las operaciones del punto 2 para las CDSs del cromosoma 22 humano. Enviar los resultados por correo electrónico al Profesor.

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