{"id":1244,"date":"2017-11-01T15:02:23","date_gmt":"2017-11-01T13:02:23","guid":{"rendered":"http:\/\/bioinfo2.ugr.es\/biocomputacion\/?page_id=1244"},"modified":"2017-11-01T15:02:23","modified_gmt":"2017-11-01T13:02:23","slug":"ejercicio-1","status":"publish","type":"page","link":"https:\/\/alu.ugr.es\/bioinfo\/biocomputacion\/ejercicio-1\/","title":{"rendered":"Ejercicio 1"},"content":{"rendered":"<h3>Contenido en G+C &amp; Python<\/h3>\n<p style=\"text-align: center\"><strong><span style=\"color: #800000\">Hip\u00f3tesis: El contenido de la regi\u00f3n del inicio de la transcripci\u00f3n es m\u00e1s rico en G+C que otras regiones como por ejemplo la parte 3\u2019 del transcrito<\/span><\/strong><\/p>\n<p>\u00bfComo podemos comprobar esta hip\u00f3tesis?<\/p>\n<p><strong>1. descargar mediante el Table Browser las secuencias de<\/strong><\/p>\n<ul>\n<li>los 200 nt aguas arriba del inicio de transcripci\u00f3n<\/li>\n<\/ul>\n<p id=\"WIjgAin\"><img decoding=\"async\" class=\"alignnone size-full wp-image-2241 \" src=\"https:\/\/alu.ugr.es\/bioinfo\/biocomputacion\/wp-content\/uploads\/sites\/8\/2021\/09\/img_6142f60fbb149.png\" alt=\"\" \/><\/p>\n<ul>\n<li>los 200 nt aguas abajo del finalizaci\u00f3n de la transcriptci\u00f3n<\/li>\n<\/ul>\n<p id=\"WbRDVyD\"><img decoding=\"async\" class=\"alignnone size-full wp-image-2243 \" src=\"https:\/\/alu.ugr.es\/bioinfo\/biocomputacion\/wp-content\/uploads\/sites\/8\/2021\/09\/img_6142f72fc78e5.png\" alt=\"\" \/><\/p>\n<p>Solamente queremos descargar los transcritos con validaci\u00f3n experimental: Filter &#8211;&gt; name match NM*<\/p>\n<p><strong>2. escribir un script en python que lee un fichero multifasta calculando el G+C para cada secuencia<\/strong><\/p>\n<p><strong>3. presentar la distribuci\u00f3n mediante un histograma\u00a0<\/strong><\/p>\n<pre>import matplotlib.pyplot as plt\n\nx = [value1, value2, value3,....]\nplt.hist(x, bins = number of bins)\nplt.show()<\/pre>\n<p><strong>4. comparar las dos listas y calcular si las medias son significativamente diferentes<\/strong><\/p>\n<p>&nbsp;<\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"<p>Contenido en G+C &amp; Python Hip\u00f3tesis: El contenido de la regi\u00f3n del inicio de la transcripci\u00f3n es m\u00e1s rico en G+C que otras regiones como por ejemplo la parte 3\u2019 del transcrito \u00bfComo podemos comprobar esta hip\u00f3tesis? 1. descargar mediante <a href=\"https:\/\/alu.ugr.es\/bioinfo\/biocomputacion\/ejercicio-1\/\" class=\"read-more\">Read More &#8230;<\/a><\/p>\n","protected":false},"author":1,"featured_media":0,"parent":0,"menu_order":0,"comment_status":"closed","ping_status":"closed","template":"","meta":{"footnotes":""},"class_list":["post-1244","page","type-page","status-publish","hentry"],"_links":{"self":[{"href":"https:\/\/alu.ugr.es\/bioinfo\/biocomputacion\/wp-json\/wp\/v2\/pages\/1244","targetHints":{"allow":["GET"]}}],"collection":[{"href":"https:\/\/alu.ugr.es\/bioinfo\/biocomputacion\/wp-json\/wp\/v2\/pages"}],"about":[{"href":"https:\/\/alu.ugr.es\/bioinfo\/biocomputacion\/wp-json\/wp\/v2\/types\/page"}],"author":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/alu.ugr.es\/bioinfo\/biocomputacion\/wp-json\/wp\/v2\/users\/1"}],"replies":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/alu.ugr.es\/bioinfo\/biocomputacion\/wp-json\/wp\/v2\/comments?post=1244"}],"version-history":[{"count":0,"href":"https:\/\/alu.ugr.es\/bioinfo\/biocomputacion\/wp-json\/wp\/v2\/pages\/1244\/revisions"}],"wp:attachment":[{"href":"https:\/\/alu.ugr.es\/bioinfo\/biocomputacion\/wp-json\/wp\/v2\/media?parent=1244"}],"curies":[{"name":"wp","href":"https:\/\/api.w.org\/{rel}","templated":true}]}}