{"id":1475,"date":"2017-11-05T12:07:01","date_gmt":"2017-11-05T10:07:01","guid":{"rendered":"http:\/\/bioinfo2.ugr.es\/biocomputacion\/?page_id=1475"},"modified":"2017-11-05T12:07:01","modified_gmt":"2017-11-05T10:07:01","slug":"intro-ngs","status":"publish","type":"page","link":"https:\/\/alu.ugr.es\/bioinfo\/biocomputacion\/intro-ngs\/","title":{"rendered":"Ejercicios NGS"},"content":{"rendered":"<p>El control de la calidad de las lecturas normalmente incluye dos pasos:<\/p>\n<ul>\n<li>Eliminaci\u00f3n del extremo 3\u2019 que est\u00e1 por debajo del umbral de calidad<\/li>\n<li>Detecci\u00f3n y eliminaci\u00f3n del adaptador<\/li>\n<\/ul>\n<h3>Datos de prueba<\/h3>\n<ul>\n<li><a href=\"https:\/\/alu.ugr.es\/bioinfo\/biocomputacion\/wp-content\/uploads\/2017\/11\/DRR001650_part.fastq_.gz\">test data 1<\/a><\/li>\n<li><a href=\"https:\/\/alu.ugr.es\/bioinfo\/biocomputacion\/wp-content\/uploads\/2017\/11\/testData.fastq_.gz\">test data 2<\/a><\/li>\n<\/ul>\n<h3>Protocolo de an\u00e1lisis (para completar el protocolo deb\u00e9is entrar en el servidor de docencia)<\/h3>\n<h4>0) descargar el fichero<\/h4>\n<pre>wget -c https:\/\/alu.ugr.es\/bioinfo\/biocomputacion\/wp-content\/uploads\/2017\/11\/DRR001650_part.fastq_.gz<\/pre>\n<h4>1) descomprimir el fichero<\/h4>\n<pre>gunzip DRR001650_part.fastq_.gz<\/pre>\n<p>el resultado es un fichero fastq_<\/p>\n<h4>2) renombrar el fichero (opcional)<\/h4>\n<pre>mv\u00a0\u00a0 nombre_original.fastq_\u00a0\u00a0 nombre_nuevo.fastq<\/pre>\n<h4>3) visualizar parte del fichero<\/h4>\n<pre>more\u00a0\u00a0\u00a0\u00a0 nombre_nuevo.fastq<\/pre>\n<h4>4) lanzar fastqc<\/h4>\n<p>Para determinar la calidad del conjunto de datos, vamos a usar el programa fastQC que se encuentra instalado en \/opt\/FastQC<\/p>\n<p>Para lanzar el programa, solo tenemos que proporcionar el fichero<\/p>\n<p>P\u00e1gina de fastQC: <a href=\"https:\/\/www.bioinformatics.babraham.ac.uk\/projects\/fastqc\/\" target=\"_blank\" rel=\"noopener noreferrer\">https:\/\/www.bioinformatics.babraham.ac.uk\/projects\/fastqc\/<\/a><\/p>\n<p>Ayuda de fastqc: <a href=\"https:\/\/www.bioinformatics.babraham.ac.uk\/projects\/fastqc\/Help\/\" target=\"_blank\" rel=\"noopener noreferrer\">https:\/\/www.bioinformatics.babraham.ac.uk\/projects\/fastqc\/Help\/<\/a><\/p>\n<pre>fastqc nombre_nuevo.fastq &amp;<\/pre>\n<p>El resultado de este comando es un fichero html (con el mismo nombre seguido de <strong><span class=\"s1\">_fastqc.html<\/span><\/strong><span class=\"s1\">). Para visualizarlo pod\u00e9is descargarlo a vuestro ordenador y abrirlo con un navegador web (Chrome o Firefox). Explorad el report para ver los distintos par\u00e1metros de calidad.<\/span><\/p>\n<h4>5) detectar el adaptador y eliminar el extremo 3\u2019 con baja calidad<\/h4>\n<pre>trim_galore nombre_nuevo.fastq<\/pre>\n<p>Manual de trim_galore:<\/p>\n<p><a href=\"http:\/\/www.bioinformatics.babraham.ac.uk\/projects\/trim_galore\/trim_galore_User_Guide_v0.3.7.pdf\" target=\"_blank\" rel=\"noopener noreferrer\">http:\/\/www.bioinformatics.babraham.ac.uk\/projects\/trim_galore\/trim_galore_User_Guide_v0.3.7.pdf<\/a><\/p>\n<p>y del cutadapt (que usa el trim_galore)<\/p>\n<p><a href=\"https:\/\/cutadapt.readthedocs.io\/en\/stable\/\" target=\"_blank\" rel=\"noopener noreferrer\">https:\/\/cutadapt.readthedocs.io\/en\/stable<\/a><\/p>\n<p>Trimgalore generar\u00e1 un fastq con las secuencias &#8220;recortadas&#8221;, es decir sin el adaptardor y eliminando los reads (o fragmentos de reads) de baja calidad<\/p>\n<h3>Cuestiones<\/h3>\n<ul>\n<li>Comparar el resumen de calidad producido por fastqc antes y despu\u00e9s de usar trim_galore (presta especial atenci\u00f3n a los par\u00e1metros que se pueden ver afectados por el trimming: per base quality, adapter content).<\/li>\n<li>Explorar el par\u00e1metro \u2013q del trim_galore (el umbral del PhredScore)<\/li>\n<li>\u00bfQue har\u00edamos con los datos de prueba 1?<\/li>\n<li>Discutir el m\u00e9todo empleado por trim_galore (cutadapt)<\/li>\n<li>Analizar el segundo conjunto de datos (<a href=\"https:\/\/alu.ugr.es\/bioinfo\/biocomputacion\/wp-content\/uploads\/2017\/11\/DRR001650_part.fastq_.gz\">test data 2)<\/a>. \u00bfComo evaluamos este segundo conjunto?<\/li>\n<\/ul>\n<p>&nbsp;<\/p>\n<p>&nbsp;<\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"<p>El control de la calidad de las lecturas normalmente incluye dos pasos: Eliminaci\u00f3n del extremo 3\u2019 que est\u00e1 por debajo del umbral de calidad Detecci\u00f3n y eliminaci\u00f3n del adaptador Datos de prueba test data 1 test data 2 Protocolo de <a href=\"https:\/\/alu.ugr.es\/bioinfo\/biocomputacion\/intro-ngs\/\" class=\"read-more\">Read More &#8230;<\/a><\/p>\n","protected":false},"author":1,"featured_media":0,"parent":0,"menu_order":0,"comment_status":"closed","ping_status":"closed","template":"","meta":{"footnotes":""},"class_list":["post-1475","page","type-page","status-publish","hentry"],"_links":{"self":[{"href":"https:\/\/alu.ugr.es\/bioinfo\/biocomputacion\/wp-json\/wp\/v2\/pages\/1475","targetHints":{"allow":["GET"]}}],"collection":[{"href":"https:\/\/alu.ugr.es\/bioinfo\/biocomputacion\/wp-json\/wp\/v2\/pages"}],"about":[{"href":"https:\/\/alu.ugr.es\/bioinfo\/biocomputacion\/wp-json\/wp\/v2\/types\/page"}],"author":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/alu.ugr.es\/bioinfo\/biocomputacion\/wp-json\/wp\/v2\/users\/1"}],"replies":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/alu.ugr.es\/bioinfo\/biocomputacion\/wp-json\/wp\/v2\/comments?post=1475"}],"version-history":[{"count":0,"href":"https:\/\/alu.ugr.es\/bioinfo\/biocomputacion\/wp-json\/wp\/v2\/pages\/1475\/revisions"}],"wp:attachment":[{"href":"https:\/\/alu.ugr.es\/bioinfo\/biocomputacion\/wp-json\/wp\/v2\/media?parent=1475"}],"curies":[{"name":"wp","href":"https:\/\/api.w.org\/{rel}","templated":true}]}}