{"id":1587,"date":"2017-11-23T13:52:24","date_gmt":"2017-11-23T11:52:24","guid":{"rendered":"http:\/\/bioinfo2.ugr.es\/biocomputacion\/?page_id=1587"},"modified":"2017-11-23T13:52:24","modified_gmt":"2017-11-23T11:52:24","slug":"ejercicio-3","status":"publish","type":"page","link":"https:\/\/alu.ugr.es\/bioinfo\/biocomputacion\/ejercicio-3\/","title":{"rendered":"Ejercicio 3"},"content":{"rendered":"<p>Analizar el efecto de la variaci\u00f3n de secuencia<\/p>\n<h4>1) Obtenci\u00f3n de las coordenadas cromos\u00f3micas de un gen mediante el navegador gen\u00f3mico del UCSC (buscando directamente el nombre del gen)<\/h4>\n<p>Eligiendo la isoforma Dp427m (NM_004006) obtenemos las coordenadas: chrX:31,119,228-33,211,556<br \/>\nDMD at chrX:31119228-33211556 &#8211; (NM_004006) dystrophin Dp427m isoform<\/p>\n<h4>2) Descargar una lista de SNPs<\/h4>\n<p>Con las coordenadas obtenidas arriba, nos vamos al \u2018Table Browser\u2019 (en la pesta\u00f1a \u2018Tools\u2019) y elegimos del grupo \u2018Variation\u2019 la tabla (track) Common SNPs (150)<br \/>\nchrX:31,119,228-33,211,556<\/p>\n<h4>3) Cuantificar la clasificaci\u00f3n<\/h4>\n<p>Despu\u00e9s de descargar el fichero, vemos en la columna \u2018func\u2019 (la decimosexta) una clasificaci\u00f3n para el efecto\/localizaci\u00f3n del SNP Para cuantificar la clasificaci\u00f3n podemos usar un peque\u00f1o script en Perl Despu\u00e9s de abrir el fichero recorrerlo l\u00ednea por l\u00ednea:<\/p>\n<pre><span style=\"color: #339966\"># hacer split en el tabulador<\/span>\n\n<span style=\"color: #339966\"># usar el valor en la columna 15 como clave (key) en el array asociativo <\/span>\n<\/pre>\n<p>Desp\u00faes de procesar todo el fichero, podemos escribir el contenido del hash (array asociativo) en pantalla<\/p>\n<pre><span style=\"color: #339966\"># recorrer todas las parejas clave\/valor<\/span>\n<\/pre>\n<h4>Cuestiones<\/h4>\n<ol>\n<li>podemos observar diferencias significativas entre la tabla de los SNPs comunes y &#8216;flagged&#8217; SNPs?<\/li>\n<\/ol>\n<p>&nbsp;<\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"<p>Analizar el efecto de la variaci\u00f3n de secuencia 1) Obtenci\u00f3n de las coordenadas cromos\u00f3micas de un gen mediante el navegador gen\u00f3mico del UCSC (buscando directamente el nombre del gen) Eligiendo la isoforma Dp427m (NM_004006) obtenemos las coordenadas: chrX:31,119,228-33,211,556 DMD at <a href=\"https:\/\/alu.ugr.es\/bioinfo\/biocomputacion\/ejercicio-3\/\" class=\"read-more\">Read More &#8230;<\/a><\/p>\n","protected":false},"author":1,"featured_media":0,"parent":0,"menu_order":0,"comment_status":"closed","ping_status":"closed","template":"","meta":{"footnotes":""},"class_list":["post-1587","page","type-page","status-publish","hentry"],"_links":{"self":[{"href":"https:\/\/alu.ugr.es\/bioinfo\/biocomputacion\/wp-json\/wp\/v2\/pages\/1587","targetHints":{"allow":["GET"]}}],"collection":[{"href":"https:\/\/alu.ugr.es\/bioinfo\/biocomputacion\/wp-json\/wp\/v2\/pages"}],"about":[{"href":"https:\/\/alu.ugr.es\/bioinfo\/biocomputacion\/wp-json\/wp\/v2\/types\/page"}],"author":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/alu.ugr.es\/bioinfo\/biocomputacion\/wp-json\/wp\/v2\/users\/1"}],"replies":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/alu.ugr.es\/bioinfo\/biocomputacion\/wp-json\/wp\/v2\/comments?post=1587"}],"version-history":[{"count":0,"href":"https:\/\/alu.ugr.es\/bioinfo\/biocomputacion\/wp-json\/wp\/v2\/pages\/1587\/revisions"}],"wp:attachment":[{"href":"https:\/\/alu.ugr.es\/bioinfo\/biocomputacion\/wp-json\/wp\/v2\/media?parent=1587"}],"curies":[{"name":"wp","href":"https:\/\/api.w.org\/{rel}","templated":true}]}}