{"id":1610,"date":"2017-11-25T19:47:00","date_gmt":"2017-11-25T17:47:00","guid":{"rendered":"http:\/\/bioinfo2.ugr.es\/biocomputacion\/?page_id=1610"},"modified":"2017-11-25T19:47:00","modified_gmt":"2017-11-25T17:47:00","slug":"genotipado","status":"publish","type":"page","link":"https:\/\/alu.ugr.es\/bioinfo\/biocomputacion\/genotipado\/","title":{"rendered":"Genotipado"},"content":{"rendered":"<p>La secuenciaci\u00f3n masiva permite secuenciar el genoma humano por un precio alrededor de 1000 d\u00f3lares. Dicha secuenciaci\u00f3n a una cubertura de 30 por (cada posici\u00f3n se secuencia 30 veces de media) producir\u00eda alrededor de 600 millones lecturas de una longitud de 150 nucle\u00f3tidos. Para poder detectar variaci\u00f3n de secuencia en la muestra secuenciada (el genoma de un individuo) hay que alinear todas las lecturas a un genoma de referencia (la secuencia consenso de un grupo de personas que representa el genoma de una poblaci\u00f3n o especie). Las lecturas apiladas en una posici\u00f3n nos pueden indicar:<\/p>\n<ul>\n<li>si hay variaci\u00f3n de una base y el genotipo correspondiente<\/li>\n<li>si existen inserciones o deleciones cortas<\/li>\n<\/ul>\n<p>La detecci\u00f3n de la variaci\u00f3n de secuencia tiene muchas aplicaciones:<\/p>\n<ul>\n<li>medicina personalizada: relacionar la existencia de ciertas variantes con el pron\u00f3stico de una enfermedad o la individualizaci\u00f3n de la terapia<\/li>\n<li>diagn\u00f3stico: detectar la predisposici\u00f3n a ciertas enfermedades<\/li>\n<li>pron\u00f3stico: predecir el transcurso de una enfermedad<\/li>\n<li>hacer pruebas forenses o de paternidad<\/li>\n<\/ul>\n<p>En el genotipado masivo la bioinform\u00e1tica tiene un papel importante. La Ilustraci\u00f3n abajo muestra las lecturas de un individuo alineadas frente al genoma de referencia. Mediante estos datos, aplicando m\u00e9todos estad\u00edsticos se puede determinar el genotipo para cada posici\u00f3n del genoma.<\/p>\n<p id=\"GCKsega\"><img loading=\"lazy\" decoding=\"async\" width=\"705\" height=\"540\" class=\"alignnone size-full wp-image-1612 \" src=\"https:\/\/alu.ugr.es\/bioinfo\/biocomputacion\/wp-content\/uploads\/sites\/8\/2017\/11\/img_5a19ab31cacea.png\" alt=\"\" srcset=\"https:\/\/alu.ugr.es\/bioinfo\/biocomputacion\/wp-content\/uploads\/sites\/8\/2017\/11\/img_5a19ab31cacea.png 705w, https:\/\/alu.ugr.es\/bioinfo\/biocomputacion\/wp-content\/uploads\/sites\/8\/2017\/11\/img_5a19ab31cacea-300x230.png 300w, https:\/\/alu.ugr.es\/bioinfo\/biocomputacion\/wp-content\/uploads\/sites\/8\/2017\/11\/img_5a19ab31cacea-353x270.png 353w\" sizes=\"auto, (max-width: 705px) 100vw, 705px\" \/><\/p>\n<p><strong><span style=\"color: #0000ff\">Apilamiento de lecturas obtenidos mediante secuenciaci\u00f3n masiva del genoma de un individuo. Se puede observar que este individuo en la posici\u00f3n 89284793 del cromosoma 11, es homocigoto para el alelo A siendo \u2018G\u2019 el alelo de la referencia del SNP rs1126809. Este genotipo est\u00e1 relacionado con Albinismo al cambiar la actividad enzim\u00e1tica de la tirosinasa<\/span><\/strong><\/p>\n<p>Por el otro lado, la secuenciaci\u00f3n masiva genera muchos datos, pero la ratio entre se\u00f1al y ruido no es muy alta. Por ejemplo, si secuenciamos el genoma de un individuo y analizamos los nucle\u00f3tidos en cada posici\u00f3n, veremos que frecuentemente no solamente encontramos el nucle\u00f3tido de la referencia sino tambi\u00e9n otros a frecuencias m\u00e1s bajas. Si encontramos un segundo nucle\u00f3tido a frecuencias cercanas al 50% podemos concluir que el individuo es heterocigoto, pero frecuentemente nos encontramos con situaciones como la mostrada en la Ilustraci\u00f3n abajo. En esta posici\u00f3n hay una adenina en el genoma de referencia y el individuo muestra adenina en 9 de 11 lecturas que alinean frente a este locus. En dos lecturas hay una timina y el gran reto es saber si se debe a errores de secuenciaci\u00f3n y\/o de la PCR, si es otro alelo (el individuo seria heterocigoto A\/T) o si es una mutaci\u00f3n som\u00e1tica y por eso no est\u00e1 presente en todas las c\u00e9lulas que se han usado para la secuenciaci\u00f3n (y por eso la frecuencia del alelo es mucho m\u00e1s baja).<\/p>\n<p id=\"bAAVUDb\"><img loading=\"lazy\" decoding=\"async\" width=\"627\" height=\"403\" class=\"alignnone size-full wp-image-1618 \" src=\"https:\/\/alu.ugr.es\/bioinfo\/biocomputacion\/wp-content\/uploads\/sites\/8\/2017\/11\/img_5a19ab9b50c18.png\" alt=\"\" srcset=\"https:\/\/alu.ugr.es\/bioinfo\/biocomputacion\/wp-content\/uploads\/sites\/8\/2017\/11\/img_5a19ab9b50c18.png 627w, https:\/\/alu.ugr.es\/bioinfo\/biocomputacion\/wp-content\/uploads\/sites\/8\/2017\/11\/img_5a19ab9b50c18-300x193.png 300w, https:\/\/alu.ugr.es\/bioinfo\/biocomputacion\/wp-content\/uploads\/sites\/8\/2017\/11\/img_5a19ab9b50c18-360x231.png 360w\" sizes=\"auto, (max-width: 627px) 100vw, 627px\" \/><\/p>\n<p><strong><span style=\"color: #0000ff\">Una posici\u00f3n que muestra variaci\u00f3n A\/T y que puede deberse a diferentes razones: errores de secuenciaci\u00f3n, variantes de secuencia o mutaciones som\u00e1ticas<\/span><\/strong><\/p>\n<p id=\"lBASKoX\">\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"<p>La secuenciaci\u00f3n masiva permite secuenciar el genoma humano por un precio alrededor de 1000 d\u00f3lares. 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