La aparici\u00f3n de m\u00e9todos de secuenciaci\u00f3n masiva a mitad de la d\u00e9cada pasada ha revolucionado todo el campo de la biolog\u00eda molecular, pero especialmente ha impactado en el enfoque de la biocomputaci\u00f3n. Estos nuevos m\u00e9todos permiten secuenciar varios ordenes de magnitud m\u00e1s cantidad de ADN por d\u00eda y laboratorio que fue posible con los m\u00e9todos tradicionales de Sanger. Adem\u00e1s, existen diferentes protocolos que permiten responder a una serie de problemas biol\u00f3gicos:<\/p>\n
\u00bfQu\u00e9 variantes de riesgo a ciertas enfermedades lleva un individuo?: <\/span><\/strong><\/p>\n Respuesta: (re)secuenciar el genoma de este individuo, alinear las lecturas frente al genoma de referencia y determinar el genotipo en cada posici\u00f3n. La combinaci\u00f3n al\u00e9lica nos dar\u00e1 informaci\u00f3n acerca de la predisposici\u00f3n a ciertas enfermedades<\/p>\n \u00bfQu\u00e9 genes cambian sus niveles de expresi\u00f3n en una condici\u00f3n dada (enfermedad, cambio de ambiente, tratamiento con un f\u00e1rmaco, etc.)?<\/strong><\/span><\/p>\n Respuesta: Extraer el RNA total, purificar transcritos con cola poli-A, convertirlo en una librer\u00eda cDNA, secuenciar, alinear las lecturas frente a una lista de genes de referencia y contabilizar el n\u00famero de lecturas por gen. Cuantos m\u00e1s fragmentos de un gen han sido secuenciados, m\u00e1s alto era su nivel de transcripci\u00f3n. Los genes que se expresan de forma diferencial pueden estar implicados en el fenotipo analizado. El mismo protocolo a\u00f1adiendo una selecci\u00f3n por longitud previo se puede aplicar para determinar los perfiles de expresi\u00f3n de los microRNAs.<\/p>\n \u00bfQu\u00e9 genes regula un factor de transcripci\u00f3n dado?<\/span><\/strong><\/p>\n Respuesta: Crear enlaces covalentes entre prote\u00ednas y el ADN, lisar las c\u00e9lulas y fragmentar el ADN, inmunoprecipar mediante un anticuerpo especifico frente a la prote\u00edna que queremos analizar, purificar el ADN , secuenciar el ADN, mapear las lecturas a un genoma de referencia y detectar las regiones con muchas lecturas mapeadas. Las regiones con muchas lecturas son las a las que se hab\u00eda unido el factor de transcripci\u00f3n.<\/p>\n Independientemente del protocolo, el resultado de la secuenciaci\u00f3n siempre es un fichero en formato fastq<\/strong> que suele ser el punto de partida del an\u00e1lisis bioinform\u00e1tico. Este formato contiene b\u00e1sicamente la secuencia de las lecturas y sus correspondientes calidades. Para cada nucle\u00f3tido secuenciado hay un car\u00e1cter que indica la calidad de secuenciaci\u00f3n de este nucle\u00f3tido. Mediante el c\u00f3digo ASCII se puede obtener el Phred Score<\/em> que tiene una interpretaci\u00f3n muy simple: un valor de 10 indicar\u00eda que 1 de cada 10 bases con este valor estar\u00edan mal secuenciadas, mientras un valor de 30 indicar\u00eda que 1 entre 1000 lo fueran.<\/p>\n Mediante la calidad se pueden eliminar lecturas probablemente espurias o ignorar una posici\u00f3n dada. Esto es especialmente importante en la detecci\u00f3n de la variaci\u00f3n de secuencia para no confundir variaci\u00f3n con errores de secuenciaci\u00f3n.<\/p>\n <\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":" La aparici\u00f3n de m\u00e9todos de secuenciaci\u00f3n masiva a mitad de la d\u00e9cada pasada ha revolucionado todo el campo de la biolog\u00eda molecular, pero especialmente ha impactado en el enfoque de la biocomputaci\u00f3n. Estos nuevos m\u00e9todos permiten secuenciar varios ordenes de Read More …<\/a><\/p>\n","protected":false},"author":1,"featured_media":0,"parent":0,"menu_order":0,"comment_status":"closed","ping_status":"closed","template":"","meta":{"footnotes":""},"class_list":["post-1623","page","type-page","status-publish","hentry"],"_links":{"self":[{"href":"https:\/\/alu.ugr.es\/bioinfo\/biocomputacion\/wp-json\/wp\/v2\/pages\/1623","targetHints":{"allow":["GET"]}}],"collection":[{"href":"https:\/\/alu.ugr.es\/bioinfo\/biocomputacion\/wp-json\/wp\/v2\/pages"}],"about":[{"href":"https:\/\/alu.ugr.es\/bioinfo\/biocomputacion\/wp-json\/wp\/v2\/types\/page"}],"author":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/alu.ugr.es\/bioinfo\/biocomputacion\/wp-json\/wp\/v2\/users\/1"}],"replies":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/alu.ugr.es\/bioinfo\/biocomputacion\/wp-json\/wp\/v2\/comments?post=1623"}],"version-history":[{"count":0,"href":"https:\/\/alu.ugr.es\/bioinfo\/biocomputacion\/wp-json\/wp\/v2\/pages\/1623\/revisions"}],"wp:attachment":[{"href":"https:\/\/alu.ugr.es\/bioinfo\/biocomputacion\/wp-json\/wp\/v2\/media?parent=1623"}],"curies":[{"name":"wp","href":"https:\/\/api.w.org\/{rel}","templated":true}]}}