Sin lugar a duda, el alineamiento es uno de los pilares principales de la bioinform\u00e1tica. Un sinf\u00edn de aplicaciones se basan en la comparaci\u00f3n de dos secuencias:<\/p>\n
Como nota, hoy en d\u00eda se usa frecuentemente el t\u00e9rmino \u2018mapear\u2019 si nos referimos a la comparaci\u00f3n de una secuencia consigo misma (buscar la posici\u00f3n de una lectura dentro del genoma por ejemplo) dejando el t\u00e9rmino \u2018alinear\u2019 para la comparaci\u00f3n entre dos secuencias hom\u00f3logas.<\/p>\n
Podemos distinguir diferentes tipos de alineamiento:<\/p>\n
M\u00e9todos exhaustivos:<\/strong><\/span><\/p>\n Estos m\u00e9todos suelen garantizar encontrar el mejor alineamiento entre dos secuencias (alineamientos \u00f3ptimos) dado un sistema de puntuaci\u00f3n. Se llaman exhaustivos ya que comprueban todas las posibilidades. Entre los algoritmos m\u00e1s conocidos con estas caracter\u00edsticas destacan el Needleman-Wunsch (Needleman and Wunsch, 1970b) y Smith-Waterman (T.F. Smith and Waterman, 1981). La base de estos algoritmos es la comparaci\u00f3n de dos secuencias mediante una matriz de puntos (v\u00e9ase ilustraci\u00f3n 1). Los algoritmos recorren todos los caminos posibles atreves de la matriz garantizando as\u00ed encontrar el mejor alineamiento. La desventaja es que este procedimiento exhaustivo es muy lento, y por lo tanto prohibitivo para muchas aplicaciones como la b\u00fasqueda de una secuencia dentro de una base de datos.<\/p>\n Heur\u00edstico:<\/span><\/strong><\/p>\n Los m\u00e9todos heur\u00edsticos en cambio son mucho m\u00e1s r\u00e1pidos pero no siempre encuentran la mejor soluci\u00f3n. FASTA (Lipman and Pearson, 1985), BLAST (Altschul et al.<\/em>, 1990) y BLAT (Kent, 2002) son los representantes m\u00e1s famosos de este tipo de algoritmos. La idea b\u00e1sica detr\u00e1s es de determinar primero si dos secuencias comparten una sub-secuencia de cierta longitud (semilla). Si esta secuencia existe, se realiza un alineamiento local exacto.<\/p>\n Global y local<\/span><\/strong><\/p>\n Alineamientos pueden ser local (Smith-Waterman) o global (Needleman-Wunsch). Un alineamiento global alinea a la fuerza las dos secuencias en su longitud total. Esto puede llevar a problemas si dos secuencias son muy diferentes globalmente, pero comparten una regi\u00f3n conservada con secuencias altamente similares (un dominio funcional por ejemplo). Para detectar estos casos con m\u00e1s exactitud, se busca las sub-secuencias con mayor similitud entre ellas.<\/p>\n \n","protected":false},"excerpt":{"rendered":" Sin lugar a duda, el alineamiento es uno de los pilares principales de la bioinform\u00e1tica. Un sinf\u00edn de aplicaciones se basan en la comparaci\u00f3n de dos secuencias: Ensamblar un contig requiere la comparaci\u00f3n de todas las lecturas producidas La secuenciaci\u00f3n Read More …<\/a><\/p>\n","protected":false},"author":1,"featured_media":0,"parent":0,"menu_order":0,"comment_status":"closed","ping_status":"closed","template":"","meta":{"footnotes":""},"class_list":["post-1642","page","type-page","status-publish","hentry"],"_links":{"self":[{"href":"https:\/\/alu.ugr.es\/bioinfo\/biocomputacion\/wp-json\/wp\/v2\/pages\/1642","targetHints":{"allow":["GET"]}}],"collection":[{"href":"https:\/\/alu.ugr.es\/bioinfo\/biocomputacion\/wp-json\/wp\/v2\/pages"}],"about":[{"href":"https:\/\/alu.ugr.es\/bioinfo\/biocomputacion\/wp-json\/wp\/v2\/types\/page"}],"author":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/alu.ugr.es\/bioinfo\/biocomputacion\/wp-json\/wp\/v2\/users\/1"}],"replies":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/alu.ugr.es\/bioinfo\/biocomputacion\/wp-json\/wp\/v2\/comments?post=1642"}],"version-history":[{"count":0,"href":"https:\/\/alu.ugr.es\/bioinfo\/biocomputacion\/wp-json\/wp\/v2\/pages\/1642\/revisions"}],"wp:attachment":[{"href":"https:\/\/alu.ugr.es\/bioinfo\/biocomputacion\/wp-json\/wp\/v2\/media?parent=1642"}],"curies":[{"name":"wp","href":"https:\/\/api.w.org\/{rel}","templated":true}]}}