{"id":370,"date":"2013-06-01T18:22:28","date_gmt":"2013-06-01T16:22:28","guid":{"rendered":"https:\/\/bioinfo2.ugr.es\/bioinfo\/?page_id=370"},"modified":"2013-06-01T18:22:28","modified_gmt":"2013-06-01T16:22:28","slug":"prediccion-de-islas","status":"publish","type":"page","link":"https:\/\/alu.ugr.es\/bioinfo\/?page_id=370","title":{"rendered":"Predicci\u00f3n de islas"},"content":{"rendered":"<ol>\n<li><span style=\"color: #333333;font-size: medium\">En primer lugar detectaremos las islas CpG en la regi\u00f3n <span style=\"color: #ff0000\"><b>chr6:107794482..108007281<\/b> <\/span> del ensamblado hg19 (humanos).<\/span><\/li>\n<li><span style=\"color: #333333;font-size: medium\">Mediante el <a href=\"http:\/\/genome.ucsc.edu\/cgi-bin\/hgGateway\" target=\"_blank\">Genome Browser<\/a> podemos visualizar la regi\u00f3n y descargar la secuencia de DNA correspondiente (\u2018view\u2019 -&gt; \u2018DNA\u2019).<\/span><\/li>\n<li><span style=\"color: #333333;font-size: medium\">Mediante el programa <a href=\"http:\/\/emboss.bioinformatics.nl\/cgi-bin\/emboss\/cpgplot\" target=\"_blank\">CpGplot<\/a> (EMBOSS), podemos detectar tanto las islas como visualizar el G+C y la proporci\u00f3n observados\/esperados (frecuencia de CpG observada \/ frecuencia de CpG esperada) a lo largo de la secuencia.<br \/>\n<\/span><\/p>\n<ul>\n<li><span style=\"color: #333333;font-size: medium\">\u00bfC\u00f3mo cambia la predicci\u00f3n si aumentamos el tama\u00f1o de la ventana?<br \/>\n<\/span><\/li>\n<li><span style=\"color: #333333;font-size: medium\">Si cambiamos los umbrales de G+C y O\/E, \u00bfqu\u00e9 efecto tiene en el tama\u00f1o de las islas predichas?<\/span><\/li>\n<\/ul>\n<\/li>\n<li><span style=\"color: #333333;font-size: medium\"><b><i>CpGplot<\/i><\/b>, nos facilita las coordenadas relativas de las islas CpG pero no calcula las propiedades de la secuencia (G+C, O\/E). Para ello, extraeremos las secuencias correspondientes a las islas CpG mediante el programa <a href=\"http:\/\/emboss.bioinformatics.nl\/cgi-bin\/emboss\/extractseq\" target=\"_blank\">extractseq<\/a> y calcularemos la composici\u00f3n mediante el programa <a href=\"http:\/\/emboss.bioinformatics.nl\/cgi-bin\/emboss\/compseq\" target=\"_blank\">compseq<\/a>.<\/span><\/li>\n<li><span style=\"color: #333333;font-size: medium\">Repetiremos la predicci\u00f3n con el programa <a href=\"http:\/\/emboss.bioinformatics.nl\/cgi-bin\/emboss\/newcpgreport\" target=\"_blank\">newcpgreport <\/a>para comprobar los valores composicionales de las islas.<\/span><\/li>\n<li><span style=\"color: #333333;font-size: medium\">El programa CpGcluster se basa en otro m\u00e9todo (clusterizaci\u00f3n de dinucle\u00f3tidos CpG) para predecir islas. Actualmente CpGcluster se encuentra deshabilitado, pero podemos usar, sin embargo, el <a href=\"https:\/\/bioinfo2.ugr.es\/CpGislandEVO\/launch.php\" target=\"_blank\">repositorio <\/a>de islas predichas por este programa. O bien, el programa <a href=\"https:\/\/bioinfo2.ugr.es\/wordCluster\/wordCluster.php\" target=\"_blank\">WordCluster<\/a>.<br \/>\n<\/span><\/p>\n<ul>\n<li><span style=\"color: #333333;font-size: medium\">\u00bfQu\u00e9 diferencias observamos en la predicci\u00f3n de islas entre los m\u00e9todos de ventanas y el de clusterizaci\u00f3n?<\/span><\/li>\n<\/ul>\n<\/li>\n<li><span style=\"color: #333333;font-size: medium\"><span style=\"font-size: medium\">Cada alumno deber\u00e1 tratar de predecir islas CpG en la secuencia an\u00f3nima que tiene asignada.<\/span><\/span><\/li>\n<\/ol>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"<p>En primer lugar detectaremos las islas CpG en la regi\u00f3n chr6:107794482..108007281 del ensamblado hg19 (humanos). 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